El espectro clínico de una infección por MERS-CoV varía desde la ausencia de síntomas (infección asintomática) o síntomas respiratorios suaves hasta una enfermedad respiratoria aguda severa y la muerte. La enfermedad por MERS-CoV se presenta normalmente con fiebre, tos y dificultades respiratorias. Es habitual que haya neumonía, pero no siempre. También se han registrado síntomas gastrointestinales, en particular diarrea. En su versión grave la enfermedad puede provocar insuficiencia respiratoria que exige ventilación mecánica y apoyo en una unidad de cuidados intensivos. El virus parece provocar una enfermedad más grave en personas mayores, personas con inmunodepresión y personas con enfermedades crónicas como cáncer, neumopatía crónica y diabetes.
Aproximadamente un 35% de los pacientes con MERS han fallecido, pero esta cifra puede sobreestimar la verdadera tasa de letalidad porque es posible que los casos leves no sean detectados por los actuales sistemas de vigilancia. Es por ello que, mientras no se conozca mejor la enfermedad, para determinar la tasa de letalidad solo se tienen en cuenta los casos confirmados mediante pruebas de laboratorio.
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